За обављање послова из делокруга Министарства образују се основне унутрашње јединице:
1. Сектор за правосуђе;
2. Сектор за европске интеграције и међународне пројекте;
3. Сектор за нормативне послове;
4. Сектор за међународну правну помоћ;
5. Сектор за материјално-финансијске послове;
У Министарству се образују посебне унутрашње јединице:
1. Секретаријат Министарства и
2. Кабинет
У Министарству се образују следеће уже унутрашње јединице, изван сектора и Секретаријата:
1. Група за надзор над тајношћу података;
2. Одсек за интерну ревизију;
3. Група за међународну сарадњу;
4. Група за координацију спровођења Националне стратегије за борбу против корупције;
Одређене послове из делокруга Министарства обавља и самостални извршилац изван свих унутрашњих јединица.
